Благодаря технологии секвенирования генома лечение инфекций будет проводиться более практично

Как известно, инфекционные заболевания вызываются патогенами – вирусами, бактериями, грибами или паразитами. Лечение бактериальных и грибковых инфекций основано преимущественно на противомикробных препаратах, в то время как при лечении вирусных инфекций основное внимание уделяется облегчению симптомов.

При этом начальная терапия инфекций часто является эмпирической и определяется клиническими проявлениями болезни – эффективность назначаемого препарата в отношении патогена редко правильно оценивается в начале лечения. Несмотря на то, что сегодня и существуют методы оценки реакции на терапию, ее эффективность в основном определяется путем наблюдения за симптомами болезни. Финские ученые считают, что новые достижения в развитии технологии секвенирования генома позволят проводить лечение инфекций более практично.

Исследователи из Университета Хельсинки вместе со своими коллегами из Университетской клиники Хельсинки разработали новый подход для обнаружения патогенов в сложных образцах, который позволяет фиксировать функциональную активность даже незначительного количества патогенных микроорганизмов в режиме реального времени. Принцип нового метода заключается в следующем: у пациента берется клинический образец, из которого извлекается РНК микрооргназмов. Затем микробная РНК обогащается, что помогает увеличить массив информации о патогенах, затем РНК секвенируется, и обширные объемы полученных данных анализируются с помощью новых алгоритмов. Этот подход можно использовать для надежной оценки вероятности развития лекарственной устойчивости, а также других защитных  механизмов патогенов, имеющих отношение к инфекции или ее лечению. Также он помогает быстрее понять, живы ли возбудители или же умирают в результате использования того или иного препарата.

Прдложенный финскими учеными подход известен как метатранскриптомика – новая дисциплина, изучающая экспрессию генов микроорганизмов в естественной среде (метатранскриптом). Метатранскриптомика позволяет всесторонне определять активность генов микроорганизмов, и ее использование становится все более распространенным, хотя все еще существуют проблемы, связанные с обработкой и анализом сложных образцов микробов-хозяев, которые препятствуют более широкому клиническому использованию метатранскриптомики. Тем не менее, авторы работы уверены, что метатранскриптомика может обеспечить более эффективную диагностику инфекционных заболеваний.

«Несмотря на то, что сегодня секвенирование генома микрофлоры применяется при лечении инфекций лишь изредка, результаты экспериментов показывают, что наше решение подходит также для сложных образцов, содержащих незначительное количество микробов. Помимо идентификации патогена, его можно использовать для характеристики взаимодействия хозяина и микроба. Таким образом, это помогает определить еще даже не выявленные механизмы заболевания», – резюмируют исследователи.